Transcript Fusion

 

The transcript fusion data of TCGA were retrieved from the TumorFusions database.

 

List of the transcript fusions of the GESPs in each cancer type


 Show   entries each page
 Jump to page  

 
 Showing page 52  first page | previous page | next page | last page 
 
 Cancer Type  TCGA_barcode  Patient  Fusion_transcript  Gene_A  Gene_B  Chr_A  Chr_B  Strand_A  Strand_B  #_Discordant_Pairs  #_JSR  #_perfect_JSR  Evalue  Junction_A  Junction_B  Tier  Frame  TN  WGS_validation  Centrality 
BRCATCGA-A8-A08X-01ATCGA-A8-A08XMAPKAP1|PRRC2BMAPKAP1PRRC2B  9    9    -1    1    17    17    13    0.4    128419930    134305477    tier1    CDS-5UTR    9959    NA    0.35525  
BRCATCGA-A8-A08X-01ATCGA-A8-A08XMAPKAP1|VAV2MAPKAP1VAV2  9    9    -1    -1    194    135    120    0.64    128419930    136726554    tier1    In-frame    9961    NA    0.38647  
BRCATCGA-A8-A0AD-01ATCGA-A8-A0ADMAPT|MARCH10MAPTMARCH10  17    17    1    -1    15    70    66    0.23    44039836    60865960    tier1    Out-of-frame    9977    NA    0  
BRCATCGA-A8-A097-01ATCGA-A8-A097MARCH2|PLVAPMARCH2PLVAP  19    19    1    -1    7    9    3    0.46    8486900    17477004    tier1    Out-of-frame    9980    NA    0  
BRCATCGA-A7-A4SB-01ATCGA-A7-A4SBMARK2|FAM168AMARK2FAM168A  11    11    1    -1    35    18    15    0.35    63607032    73179537    tier1    CDS-5UTR    10002    NA    0.38519  
BRCATCGA-A8-A06U-01ATCGA-A8-A06UMARK3|BAG5MARK3BAG5  14    14    1    -1    4    3    3    2.2    103894777    104027529    tier1    CDS-5UTR    10003    NA    0.38136  
BRCATCGA-B6-A0I9-01ATCGA-B6-A0I9MARK3|RP11-407N17.3MARK3RP11-407N17.3  14    14    1    1    4    1    1    2    103852417    39716115    tier2    In-frame    10008    NA    0.37909  
BRCATCGA-GM-A2DD-01ATCGA-GM-A2DDMARK3|SLC25A21MARK3SLC25A21  14    14    1    -1    2    4    4    1.3    103941547    37344209    tier4    Out-of-frame    10009    NA    0.38088  
BRCATCGA-A1-A0SQ-01ATCGA-A1-A0SQMARK4|LYPD5MARK4LYPD5  19    19    1    -1    15    10    9    0.01    45797710    44303986    tier1    Out-of-frame    10010    NA    0.38311  
BRCATCGA-A8-A08B-01ATCGA-A8-A08BMATR3|CTNNA1MATR3CTNNA1  5    5    1    1    9    12    12    0.21    138615747    137988753    tier1    NA    10034    validated    0.37386  
BRCATCGA-D8-A27W-01ATCGA-D8-A27WMATR3|PCDHA2MATR3PCDHA2  5    5    1    1    9    17    16    1    138629494    140358534    tier1    5UTR-CDS    10036    NA    0.36972  
BRCATCGA-C8-A12Y-01ATCGA-C8-A12YMBNL1|NAALADL2MBNL1NAALADL2  3    3    1    1    3    5    5    1.1    152018156    174455431    tier1    NA    10051    NA    0.33849  
BRCATCGA-OL-A6VO-01ATCGA-OL-A6VOMBOAT1|FYNMBOAT1FYN  6    6    -1    -1    31    48    37    0.42    20212367    111983150    tier1    Out-of-frame    10059    NA    0.38684  
BRCATCGA-AO-A0JE-01ATCGA-AO-A0JEMCPH1|CSMD1MCPH1CSMD1  8    8    1    -1    4    3    3    1.4    6312773    3351248    tier1    In-frame    10105    NA    0.34362  
BRCATCGA-BH-A0B1-01ATCGA-BH-A0B1MDM1|ABCC1MDM1ABCC1  12    16    -1    1    4    7    7    0.69    68707223    16108348    tier1    In-frame    10115    NA    0.35306  
BRCATCGA-AN-A049-01ATCGA-AN-A049MECR|NAALADL2MECRNAALADL2  1    3    -1    1    7    1    1    0.12    29557243    175473008    tier2    Out-of-frame    10146    NA    0.36092  
BRCATCGA-BH-A0AW-01ATCGA-BH-A0AWMED1|ABCC3MED1ABCC3  17    17    -1    1    309    241    226    0.31    37604051    48733193    tier1    In-frame    10147    NA    0.36447  
BRCATCGA-AC-A23C-01ATCGA-AC-A23CMED1|CAP2MED1CAP2  17    6    -1    1    17    9    8    0.69    37595418    17539500    tier1    Out-of-frame    10149    NA    0.36561  
BRCATCGA-A2-A0EY-01ATCGA-A2-A0EYMED1|TMPRSS9MED1TMPRSS9  17    19    -1    1    33    35    32    0.66    37607291    2398793    tier1    Out-of-frame    10163    non-validated    0.36007  
BRCATCGA-BH-A1FM-01ATCGA-BH-A1FMMED13|ABCA9MED13ABCA9  17    17    -1    -1    5    5    3    0.057    60038949    67025368    tier1    Out-of-frame    10166    NA    0.36239  

 Showing page 52 
first page | previous page | next page | last page 








Contact us | | Terms & Conditions.
Copyright © 2020 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.