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The putative cancer-associated GESPs driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
List of the putative cancer-causing GESPs driven by SCNAs in each cancer type
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| ACC | BLCA | BRCA | CESC | CHOL | COAD | DLBC | ESCA | GBM | HNSC | KICH | KIRC | KIRP | LAML | LGG | LIHC | LUAD | LUSC | MESO | OV | PAAD | PCPG | PRAD | READ | SARC | SKCM | STAD | TGCT | THCA | THYM | UCEC | UCS | UVM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC Name | Ensembl Gene ID | HGNC Symbol | Genomic Location | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del |
| sushi domain containing 6 | ENSG00000100647 | SUSD6 | chr14:69611596-69715142:+ | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ras homolog family member C | ENSG00000155366 | RHOC | chr1:112701106-112707434:- | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| inositol 1,4,5-trisphosphate receptor interacting protein | ENSG00000148841 | ITPRIP | chr10:104309698-104338404:- | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| tight junction protein 1 | ENSG00000104067 | TJP1 | chr15:29699367-29968865:- | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| tectonic family member 3 | ENSG00000119977 | TCTN3 | chr10:95663396-95694143:- | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAM domain containing 1B | ENSG00000023171 | GRAMD1B | chr11:123454398-123627774:+ | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CD151 molecule (Raph blood group) | ENSG00000177697 | CD151 | chr11:832843-839831:+ | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| patatin like phospholipase domain containing 2 | ENSG00000177666 | PNPLA2 | chr11:818902-825573:+ | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hyaluronidase 2 | ENSG00000068001 | HYAL2 | chr3:50317790-50322906:- | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| presenilin 1 | ENSG00000080815 | PSEN1 | chr14:73136418-73223691:+ | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EPH receptor A2 | ENSG00000142627 | EPHA2 | chr1:16124337-16156087:- | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| semaphorin 3B | ENSG00000012171 | SEMA3B | chr3:50267558-50277546:+ | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| myelin protein zero like 2 | ENSG00000149573 | MPZL2 | chr11:118253403-118264536:- | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| neural proliferation, differentiation and control 1 | ENSG00000107281 | NPDC1 | chr9:137039470-137046203:- | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| piezo type mechanosensitive ion channel component 1 | ENSG00000103335 | PIEZO1 | chr16:88715343-88785211:- | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ATP binding cassette subfamily B member 6 (Langereis blood group) | ENSG00000115657 | ABCB6 | chr2:219209768-219218990:- | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| solute carrier family 19 member 3 | ENSG00000135917 | SLC19A3 | chr2:227685210-227718012:- | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| protein tyrosine kinase 2 beta | ENSG00000120899 | PTK2B | chr8:27311482-27459391:+ | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| fukutin related protein | ENSG00000181027 | FKRP | chr19:46746046-46776988:+ | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| interleukin 17 receptor B | ENSG00000056736 | IL17RB | chr3:53846580-53865800:+ | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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