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The putative cancer-associated PDGs driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
List of the putative cancer-causing PDGs driven by SCNAs in each cancer type
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KIRC | KIRP | KICH | PRAD | BLCA | THYM | MESO | LUAD | LUSC | HNSC | ESCA | STAD | COAD | READ | PAAD | LIHC | CHOL | ACC | PCPG | THCA | BRCA | OV | CESC | UCEC | UCS | SARC | TGCT | LAML | DLBC | LGG | GBM | UVM | SKCM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC Symbol | Ensembl Gene ID | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del |
ENPP5 | ENSG00000112796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LY86 | ENSG00000112799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRSS16 | ENSG00000112812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BRD8 | ENSG00000112983 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HBEGF | ENSG00000113070 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SLC4A9 | ENSG00000113073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LOX | ENSG00000113083 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GZMK | ENSG00000113088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARC | ENSG00000113140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HMGCR | ENSG00000113161 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDE8B | ENSG00000113231 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CLK4 | ENSG00000113240 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRM6 | ENSG00000113262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IL12B | ENSG00000113302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BTNL8 | ENSG00000113303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GABRG2 | ENSG00000113327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TARS | ENSG00000113407 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IL4 | ENSG00000113520 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IL5 | ENSG00000113525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FGF1 | ENSG00000113578 | 1 |
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