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The putative cancer-associated PDGs driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
List of the putative cancer-causing PDGs driven by SCNAs in each cancer type
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KIRC | KIRP | KICH | PRAD | BLCA | THYM | MESO | LUAD | LUSC | HNSC | ESCA | STAD | COAD | READ | PAAD | LIHC | CHOL | ACC | PCPG | THCA | BRCA | OV | CESC | UCEC | UCS | SARC | TGCT | LAML | DLBC | LGG | GBM | UVM | SKCM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC Symbol | Ensembl Gene ID | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del |
AMH | ENSG00000104899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DKKL1 | ENSG00000104901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RETN | ENSG00000104918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FCER2 | ENSG00000104921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LILRB1 | ENSG00000104972 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LILRA1 | ENSG00000104974 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCNE1 | ENSG00000105173 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EBI3 | ENSG00000105246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
APLP1 | ENSG00000105290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SIGLEC8 | ENSG00000105366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CD79A | ENSG00000105369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ICAM4 | ENSG00000105371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CD33 | ENSG00000105383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SULT2A1 | ENSG00000105398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CLEC11A | ENSG00000105472 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CARD8 | ENSG00000105483 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SIGLEC5 | ENSG00000105501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FGF21 | ENSG00000105550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LILRB5 | ENSG00000105609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SLC5A5 | ENSG00000105641 |
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