Copy Number
The putative cancer-associated PDGs driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
| Showing page 63 |
first page | previous page | next page | last page |
| KIRC | KIRP | KICH | PRAD | BLCA | THYM | MESO | LUAD | LUSC | HNSC | ESCA | STAD | COAD | READ | PAAD | LIHC | CHOL | ACC | PCPG | THCA | BRCA | OV | CESC | UCEC | UCS | SARC | TGCT | LAML | DLBC | LGG | GBM | UVM | SKCM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC Symbol | Ensembl Gene ID | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del |
| IL19 | ENSG00000142224 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.07 | 0.06 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.12 | 0.01 | 0.10 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.18 | 0.06 | 0.11 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.12 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.19 | 0.01 | 0.18 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.28 | 0.01 | 0.22 | 0.11 | 0.07 | 0.00 | 0.07 | 0.02 | 0.20 | 0.04 | 0.04 | 0.18 | 0.03 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.16 | 0.10 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.09 | 0.00 | 0.15 | 0.02 |
| SLC6A3 | ENSG00000142319 | 0.01 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.06 | 0.05 | 0.03 | 0.01 | 0.25 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.41 | 0.01 | 0.37 | 0.01 | 0.17 | 0.02 | 0.31 | 0.02 | 0.18 | 0.02 | 0.04 | 0.02 | 0.06 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.10 | 0.03 | 0.00 | 0.05 | 0.17 | 0.09 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.13 | 0.02 | 0.47 | 0.04 | 0.19 | 0.02 | 0.15 | 0.01 | 0.26 | 0.03 | 0.32 | 0.12 | 0.02 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.17 | 0.00 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.04 | 0.03 | 0.02 | 0.17 | 0.09 |
| RNPEPL1 | ENSG00000142327 | 0.02 | 0.08 | 0.04 | 0.05 | 0.00 | 0.10 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.33 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.07 | 0.04 | 0.05 | 0.03 | 0.19 | 0.02 | 0.19 | 0.03 | 0.17 | 0.03 | 0.10 | 0.02 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.03 | 0.09 | 0.10 | 0.01 | 0.05 | 0.10 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.11 | 0.20 | 0.29 | 0.02 | 0.38 | 0.03 | 0.07 | 0.17 | 0.09 | 0.05 | 0.48 | 0.03 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.14 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.16 |
| CAPN10 | ENSG00000142330 | 0.02 | 0.08 | 0.04 | 0.05 | 0.00 | 0.10 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.33 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.07 | 0.04 | 0.05 | 0.03 | 0.19 | 0.02 | 0.19 | 0.03 | 0.17 | 0.03 | 0.10 | 0.02 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.03 | 0.09 | 0.10 | 0.01 | 0.05 | 0.10 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.11 | 0.20 | 0.29 | 0.02 | 0.38 | 0.03 | 0.07 | 0.17 | 0.09 | 0.05 | 0.48 | 0.03 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.14 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.17 |
| PSMB6 | ENSG00000142507 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.09 | 0.05 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.03 | 0.05 | 0.05 | 0.03 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.12 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.04 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.05 | 0.12 | 0.06 | 0.01 | 0.03 | 0.04 | 0.03 | 0.13 | 0.12 | 0.17 | 0.25 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.03 |
| GPR32 | ENSG00000142511 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.12 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.07 | 0.07 | 0.10 | 0.03 | 0.02 | 0.06 | 0.03 | 0.09 | 0.03 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.03 | 0.00 | 0.07 | 0.23 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.11 | 0.03 | 0.06 | 0.32 | 0.06 | 0.07 | 0.03 | 0.05 | 0.22 | 0.13 | 0.03 | 0.17 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.00 | 0.13 | 0.03 | 0.01 | 0.15 | 0.01 | 0.13 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.03 |
| SIGLEC10 | ENSG00000142512 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.14 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.08 | 0.07 | 0.10 | 0.03 | 0.02 | 0.08 | 0.03 | 0.08 | 0.03 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.04 | 0.03 | 0.00 | 0.07 | 0.23 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.13 | 0.03 | 0.10 | 0.30 | 0.07 | 0.07 | 0.04 | 0.05 | 0.16 | 0.14 | 0.02 | 0.20 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.00 | 0.13 | 0.03 | 0.01 | 0.16 | 0.03 | 0.13 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.03 |
| PTH2 | ENSG00000142538 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.11 | 0.04 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.07 | 0.05 | 0.10 | 0.03 | 0.02 | 0.07 | 0.05 | 0.07 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.03 | 0.03 | 0.05 | 0.05 | 0.04 | 0.00 | 0.07 | 0.24 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.11 | 0.04 | 0.05 | 0.31 | 0.05 | 0.06 | 0.06 | 0.05 | 0.10 | 0.18 | 0.04 | 0.18 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.05 | 0.01 | 0.13 | 0.02 | 0.12 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 |
| PADI3 | ENSG00000142619 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.08 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.07 | 0.08 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.26 | 0.06 | 0.06 | 0.04 | 0.12 | 0.03 | 0.09 | 0.08 | 0.09 | 0.06 | 0.09 | 0.00 | 0.16 | 0.00 | 0.22 | 0.02 | 0.07 | 0.03 | 0.22 | 0.00 | 1.11 | 0.01 | 0.07 | 0.01 | 0.09 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.21 | 0.13 | 0.42 | 0.04 | 0.08 | 0.05 | 0.13 | 0.03 | 0.19 | 0.19 | 0.17 | 0.05 | 0.08 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.00 | 0.02 | 0.04 | 0.08 | 0.00 | 0.07 | 0.06 | 0.09 |
| PLK4 | ENSG00000142731 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.08 | 0.03 | 0.07 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.02 | 0.05 | 0.02 | 0.07 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.05 | 0.01 | 0.06 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.02 | 0.03 | 0.05 | 0.00 | 0.09 | 0.08 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.04 | 0.05 | 0.23 | 0.02 | 0.04 | 0.02 | 0.03 | 0.04 | 0.07 | 0.04 | 0.08 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.03 |
| FCN3 | ENSG00000142748 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.08 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.05 | 0.09 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.19 | 0.04 | 0.06 | 0.03 | 0.10 | 0.02 | 0.07 | 0.04 | 0.13 | 0.01 | 0.13 | 0.00 | 0.17 | 0.00 | 0.24 | 0.00 | 0.10 | 0.00 | 0.21 | 0.00 | 1.06 | 0.04 | 0.04 | 0.01 | 0.09 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.18 | 0.10 | 0.44 | 0.04 | 0.08 | 0.04 | 0.13 | 0.03 | 0.18 | 0.12 | 0.08 | 0.04 | 0.04 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.07 | 0.00 | 0.09 | 0.07 | 0.06 |
| CYR61 | ENSG00000142871 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.05 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.30 | 0.04 | 0.08 | 0.04 | 0.06 | 0.01 | 0.07 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.07 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.07 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.08 | 0.04 | 0.07 | 0.00 | 0.22 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.10 | 0.10 | 0.19 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.04 | 0.07 | 0.05 | 0.12 | 0.07 | 0.03 | 0.05 | 0.01 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.04 | 0.03 | 0.03 | 0.04 | 0.11 |
| TINAGL1 | ENSG00000142910 | 0.00 | 0.04 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.02 | 0.03 | 0.07 | 0.00 | 0.01 | 0.11 | 0.07 | 0.05 | 0.04 | 0.04 | 0.06 | 0.04 | 0.05 | 0.07 | 0.08 | 0.05 | 0.07 | 0.02 | 0.10 | 0.01 | 0.16 | 0.02 | 0.04 | 0.00 | 0.19 | 0.00 | 0.73 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.08 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.10 | 0.23 | 0.27 | 0.05 | 0.03 | 0.10 | 0.07 | 0.24 | 0.06 | 0.11 | 0.07 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.07 | 0.05 | 0.06 |
| AZIN2 | ENSG00000142920 | 0.00 | 0.04 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.03 | 0.07 | 0.00 | 0.00 | 0.11 | 0.07 | 0.06 | 0.04 | 0.05 | 0.05 | 0.06 | 0.04 | 0.07 | 0.05 | 0.06 | 0.05 | 0.02 | 0.08 | 0.01 | 0.10 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.17 | 0.00 | 0.57 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.08 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.09 | 0.32 | 0.20 | 0.06 | 0.03 | 0.05 | 0.07 | 0.11 | 0.06 | 0.13 | 0.05 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.05 | 0.00 | 0.07 | 0.05 | 0.04 |
| CYP4B1 | ENSG00000142973 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.04 | 0.11 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.09 | 0.03 | 0.08 | 0.04 | 0.06 | 0.02 | 0.05 | 0.01 | 0.05 | 0.03 | 0.03 | 0.04 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.08 | 0.00 | 0.23 | 0.02 | 0.03 | 0.00 | 0.12 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.05 | 0.36 | 0.06 | 0.07 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.13 | 0.05 | 0.10 | 0.03 | 0.04 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.06 | 0.02 |
| SLC44A3 | ENSG00000143036 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.08 | 0.05 | 0.07 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.39 | 0.02 | 0.11 | 0.04 | 0.07 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.08 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.07 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.02 | 0.04 | 0.15 | 0.02 | 0.04 | 0.01 | 0.21 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.11 | 0.13 | 0.16 | 0.00 | 0.06 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.06 | 0.09 | 0.09 | 0.03 | 0.08 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.05 | 0.03 | 0.12 |
| KCNA10 | ENSG00000143105 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.06 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.35 | 0.01 | 0.14 | 0.02 | 0.14 | 0.00 | 0.12 | 0.03 | 0.12 | 0.04 | 0.06 | 0.00 | 0.07 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.10 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.26 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.10 | 0.18 | 0.14 | 0.01 | 0.08 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.06 | 0.05 | 0.11 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.08 | 0.10 |
| PSMA5 | ENSG00000143106 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.06 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.32 | 0.01 | 0.13 | 0.01 | 0.13 | 0.00 | 0.12 | 0.04 | 0.12 | 0.03 | 0.06 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.02 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.11 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.26 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.10 | 0.16 | 0.14 | 0.02 | 0.08 | 0.04 | 0.03 | 0.07 | 0.06 | 0.05 | 0.10 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.07 | 0.10 |
| CD53 | ENSG00000143119 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.05 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.33 | 0.01 | 0.13 | 0.01 | 0.14 | 0.00 | 0.12 | 0.04 | 0.13 | 0.02 | 0.07 | 0.00 | 0.07 | 0.05 | 0.06 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.10 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.26 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.10 | 0.17 | 0.14 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.10 | 0.05 | 0.11 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.08 | 0.11 |
| PROK1 | ENSG00000143125 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.05 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.35 | 0.01 | 0.14 | 0.02 | 0.14 | 0.00 | 0.12 | 0.04 | 0.12 | 0.04 | 0.06 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.03 | 0.00 | 0.10 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.26 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.10 | 0.15 | 0.15 | 0.01 | 0.08 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.06 | 0.05 | 0.11 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.08 | 0.10 |
|
Showing page 63 |
first page | previous page | next page | last page |
Copyright © 2020 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.