Copy Number
The putative cancer-associated PDGs driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
| Showing page 57 |
first page | previous page | next page | last page |
| KIRC | KIRP | KICH | PRAD | BLCA | THYM | MESO | LUAD | LUSC | HNSC | ESCA | STAD | COAD | READ | PAAD | LIHC | CHOL | ACC | PCPG | THCA | BRCA | OV | CESC | UCEC | UCS | SARC | TGCT | LAML | DLBC | LGG | GBM | UVM | SKCM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC Symbol | Ensembl Gene ID | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del |
| CAPN11 | ENSG00000137225 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.21 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.12 | 0.01 | 0.15 | 0.05 | 0.06 | 0.02 | 0.58 | 0.02 | 0.37 | 0.01 | 0.10 | 0.00 | 0.20 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.17 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.13 | 0.03 | 0.24 | 0.06 | 0.08 | 0.02 | 0.07 | 0.01 | 0.08 | 0.03 | 0.27 | 0.02 | 0.06 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.09 | 0.05 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.07 | 0.00 |
| TINAG | ENSG00000137251 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.09 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.07 | 0.02 | 0.22 | 0.04 | 0.19 | 0.02 | 0.29 | 0.03 | 0.12 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.12 | 0.03 | 0.15 | 0.06 | 0.08 | 0.04 | 0.05 | 0.01 | 0.17 | 0.03 | 0.13 | 0.05 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.09 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.05 | 0.02 |
| TUBB2B | ENSG00000137285 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.19 | 0.10 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.01 | 0.10 | 0.02 | 0.09 | 0.10 | 0.05 | 0.06 | 0.09 | 0.24 | 0.04 | 0.10 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.06 | 0.00 | 0.09 | 0.16 | 0.02 | 0.09 | 0.08 | 0.04 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.09 | 0.08 | 0.45 | 0.11 | 0.10 | 0.06 | 0.08 | 0.03 | 0.21 | 0.05 | 0.06 | 0.14 | 0.04 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.10 | 0.01 | 0.02 | 0.04 | 0.02 | 0.03 | 0.22 | 0.00 | 0.23 | 0.00 |
| TCF19 | ENSG00000137310 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.17 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.07 | 0.02 | 0.07 | 0.05 | 0.03 | 0.05 | 0.17 | 0.05 | 0.12 | 0.04 | 0.03 | 0.01 | 0.07 | 0.01 | 0.05 | 0.01 | 0.11 | 0.01 | 0.05 | 0.03 | 0.11 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.09 | 0.03 | 0.30 | 0.06 | 0.17 | 0.02 | 0.06 | 0.01 | 0.10 | 0.03 | 0.06 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.14 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.11 | 0.00 | 0.13 | 0.01 |
| ATAT1 | ENSG00000137343 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.17 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.10 | 0.01 | 0.07 | 0.04 | 0.05 | 0.04 | 0.19 | 0.04 | 0.13 | 0.04 | 0.03 | 0.01 | 0.07 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.14 | 0.01 | 0.08 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.10 | 0.02 | 0.32 | 0.05 | 0.20 | 0.02 | 0.06 | 0.01 | 0.21 | 0.03 | 0.04 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.04 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.13 | 0.00 | 0.13 | 0.01 |
| TPMT | ENSG00000137364 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.51 | 0.04 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.04 | 0.06 | 0.01 | 0.11 | 0.06 | 0.04 | 0.05 | 0.10 | 0.16 | 0.06 | 0.07 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.06 | 0.13 | 0.02 | 0.06 | 0.03 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.15 | 0.03 | 0.54 | 0.04 | 0.10 | 0.05 | 0.09 | 0.02 | 0.37 | 0.02 | 0.05 | 0.13 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.21 | 0.00 | 0.19 | 0.00 |
| CLPS | ENSG00000137392 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.09 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.04 | 0.05 | 0.03 | 0.03 | 0.14 | 0.04 | 0.06 | 0.03 | 0.03 | 0.01 | 0.05 | 0.01 | 0.05 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.05 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.03 | 0.25 | 0.05 | 0.07 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.22 | 0.07 | 0.11 | 0.08 | 0.05 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.08 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.10 | 0.00 | 0.09 | 0.01 |
| MTCH1 | ENSG00000137409 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.11 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.07 | 0.04 | 0.02 | 0.03 | 0.18 | 0.03 | 0.08 | 0.03 | 0.04 | 0.01 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.05 | 0.03 | 0.05 | 0.03 | 0.13 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.10 | 0.03 | 0.34 | 0.04 | 0.08 | 0.00 | 0.08 | 0.01 | 0.29 | 0.03 | 0.06 | 0.06 | 0.05 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.08 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.10 | 0.00 | 0.10 | 0.01 |
| FGFBP1 | ENSG00000137440 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.05 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.02 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.05 | 0.04 | 0.03 | 0.04 | 0.04 | 0.01 | 0.02 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.02 | 0.04 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.04 | 0.16 | 0.07 | 0.01 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.11 | 0.00 | 0.07 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.05 | 0.00 | 0.03 | 0.01 |
| FGFBP2 | ENSG00000137441 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.04 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.02 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.05 | 0.04 | 0.03 | 0.04 | 0.04 | 0.01 | 0.02 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.02 | 0.05 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.04 | 0.16 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.08 | 0.02 | 0.14 | 0.00 | 0.07 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.05 | 0.00 | 0.03 | 0.01 |
| TLR2 | ENSG00000137462 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.04 | 0.12 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.04 | 0.04 | 0.05 | 0.01 | 0.11 | 0.01 | 0.09 | 0.09 | 0.09 | 0.05 | 0.06 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.04 | 0.02 | 0.04 | 0.07 | 0.05 | 0.00 | 0.12 | 0.15 | 0.05 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.07 | 0.06 | 0.28 | 0.02 | 0.08 | 0.05 | 0.05 | 0.06 | 0.05 | 0.13 | 0.11 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.09 | 0.00 | 0.09 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.05 |
| IL18BP | ENSG00000137496 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.08 | 0.02 | 0.04 | 0.00 | 0.23 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.08 | 0.00 | 0.13 | 0.01 | 0.23 | 0.03 | 0.56 | 0.03 | 0.91 | 0.03 | 0.15 | 0.03 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.06 | 0.03 | 0.00 | 0.02 | 0.05 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.26 | 0.06 | 0.43 | 0.04 | 0.12 | 0.01 | 0.06 | 0.02 | 0.16 | 0.10 | 0.11 | 0.06 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.22 | 0.01 |
| PI15 | ENSG00000137558 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.08 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.13 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.16 | 0.02 | 0.11 | 0.02 | 0.05 | 0.01 | 0.14 | 0.01 | 0.12 | 0.01 | 0.08 | 0.00 | 0.14 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.07 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.08 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.20 | 0.01 | 0.30 | 0.07 | 0.05 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.15 | 0.02 | 0.18 | 0.04 | 0.19 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.22 | 0.00 | 0.06 | 0.01 |
| GGH | ENSG00000137563 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.03 | 0.03 | 0.11 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.10 | 0.02 | 0.11 | 0.03 | 0.05 | 0.01 | 0.07 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.07 | 0.00 | 0.13 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.18 | 0.01 | 0.33 | 0.07 | 0.03 | 0.02 | 0.05 | 0.01 | 0.33 | 0.09 | 0.15 | 0.02 | 0.17 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.11 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.22 | 0.00 | 0.06 | 0.01 |
| MMP7 | ENSG00000137673 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.03 | 0.03 | 0.02 | 0.05 | 0.28 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.08 | 0.06 | 0.11 | 0.04 | 0.11 | 0.07 | 0.43 | 0.09 | 0.14 | 0.08 | 0.09 | 0.05 | 0.04 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.05 | 0.06 | 0.00 | 0.10 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.18 | 0.38 | 0.11 | 0.76 | 0.10 | 0.11 | 0.04 | 0.17 | 0.17 | 0.30 | 0.11 | 0.01 | 0.08 | 0.02 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.17 | 0.13 |
| SLC37A4 | ENSG00000137700 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.08 | 0.04 | 0.11 | 0.00 | 0.00 | 0.11 | 0.04 | 0.05 | 0.07 | 0.05 | 0.09 | 0.04 | 0.16 | 0.05 | 0.12 | 0.06 | 0.07 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.09 | 0.00 | 0.17 | 0.03 | 0.05 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.21 | 0.16 | 0.14 | 0.04 | 0.30 | 0.07 | 0.05 | 0.16 | 0.17 | 0.04 | 0.22 | 0.00 | 0.15 | 0.03 | 0.01 | 0.14 | 0.01 | 0.06 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.25 |
| FXYD2 | ENSG00000137731 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.09 | 0.03 | 0.11 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.06 | 0.05 | 0.07 | 0.04 | 0.09 | 0.03 | 0.16 | 0.03 | 0.12 | 0.07 | 0.08 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.09 | 0.00 | 0.17 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.23 | 0.15 | 0.15 | 0.04 | 0.32 | 0.04 | 0.05 | 0.13 | 0.20 | 0.05 | 0.21 | 0.00 | 0.15 | 0.02 | 0.00 | 0.14 | 0.01 | 0.06 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.28 |
| TMPRSS13 | ENSG00000137747 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.09 | 0.03 | 0.10 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.06 | 0.05 | 0.07 | 0.05 | 0.09 | 0.04 | 0.16 | 0.03 | 0.12 | 0.07 | 0.08 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.09 | 0.00 | 0.17 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.23 | 0.14 | 0.15 | 0.04 | 0.31 | 0.04 | 0.05 | 0.15 | 0.20 | 0.05 | 0.21 | 0.00 | 0.17 | 0.02 | 0.00 | 0.14 | 0.01 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.28 |
| CASP1 | ENSG00000137752 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.06 | 0.08 | 0.09 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.08 | 0.06 | 0.07 | 0.07 | 0.08 | 0.09 | 0.14 | 0.17 | 0.07 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.06 | 0.00 | 0.14 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.20 | 0.25 | 0.15 | 0.11 | 0.22 | 0.02 | 0.06 | 0.14 | 0.27 | 0.14 | 0.19 | 0.01 | 0.10 | 0.02 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.19 |
| CASP5 | ENSG00000137757 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.06 | 0.08 | 0.09 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.08 | 0.06 | 0.07 | 0.07 | 0.08 | 0.09 | 0.14 | 0.17 | 0.07 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.06 | 0.00 | 0.14 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.20 | 0.25 | 0.15 | 0.11 | 0.22 | 0.02 | 0.06 | 0.14 | 0.27 | 0.14 | 0.19 | 0.01 | 0.10 | 0.02 | 0.00 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.19 |
|
Showing page 57 |
first page | previous page | next page | last page |
Copyright © 2020 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.