Copy Number
The putative cancer-associated PDGs driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
| Showing page 237 |
first page | previous page | next page | last page |
| KIRC | KIRP | KICH | PRAD | BLCA | THYM | MESO | LUAD | LUSC | HNSC | ESCA | STAD | COAD | READ | PAAD | LIHC | CHOL | ACC | PCPG | THCA | BRCA | OV | CESC | UCEC | UCS | SARC | TGCT | LAML | DLBC | LGG | GBM | UVM | SKCM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HGNC Symbol | Ensembl Gene ID | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del | Amp | Del |
| MAP3K1 | ENSG00000095015 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.24 | 0.02 | 0.16 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.09 | 0.03 | 0.09 | 0.01 | 0.14 | 0.01 | 0.13 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.13 | 0.09 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.11 | 0.02 | 0.60 | 0.02 | 0.08 | 0.03 | 0.13 | 0.08 | 0.46 | 0.09 | 0.05 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.03 |
| NMUR1 | ENSG00000171596 | 0.01 | 0.07 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.32 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.07 | 0.04 | 0.04 | 0.02 | 0.19 | 0.01 | 0.18 | 0.06 | 0.15 | 0.05 | 0.05 | 0.02 | 0.04 | 0.02 | 0.02 | 0.07 | 0.02 | 0.04 | 0.05 | 0.05 | 0.01 | 0.05 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.08 | 0.15 | 0.20 | 0.01 | 0.38 | 0.05 | 0.05 | 0.13 | 0.06 | 0.03 | 0.38 | 0.04 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.08 | 0.01 | 0.09 |
| SCN7A | ENSG00000136546 | 0.02 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.09 | 0.06 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.10 | 0.03 | 0.07 | 0.01 | 0.11 | 0.03 | 0.02 | 0.04 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.05 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.03 | 0.30 | 0.05 | 0.06 | 0.01 | 0.05 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.06 | 0.08 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.11 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 |
| PRDM2 | ENSG00000116731 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.08 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.09 | 0.08 | 0.00 | 0.02 | 0.04 | 0.26 | 0.06 | 0.06 | 0.06 | 0.11 | 0.04 | 0.09 | 0.13 | 0.08 | 0.07 | 0.09 | 0.01 | 0.14 | 0.00 | 0.21 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.23 | 0.00 | 1.16 | 0.03 | 0.12 | 0.01 | 0.09 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.20 | 0.19 | 0.37 | 0.05 | 0.09 | 0.07 | 0.12 | 0.04 | 0.25 | 0.20 | 0.17 | 0.07 | 0.09 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.00 | 0.02 | 0.14 | 0.10 | 0.00 | 0.07 | 0.09 | 0.10 |
| SLC25A30 | ENSG00000174032 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.41 | 0.04 | 0.24 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.16 | 0.02 | 0.07 | 0.01 | 0.11 | 0.01 | 0.13 | 0.04 | 0.09 | 0.13 | 0.03 | 0.11 | 0.03 | 0.12 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.27 | 0.00 | 0.11 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.13 | 0.04 | 0.22 | 0.01 | 0.22 | 0.02 | 0.05 | 0.05 | 0.14 | 0.03 | 0.36 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.06 | 0.01 | 0.07 | 0.00 | 0.12 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.03 |
| ANOS1 | ENSG00000011201 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.08 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.07 | 0.08 | 0.07 | 0.02 | 0.02 | 0.05 | 0.06 | 0.06 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.12 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.09 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.04 | 0.15 | 0.20 | 0.07 | 0.02 | 0.04 | 0.03 | 0.09 | 0.09 | 0.12 | 0.08 | 0.05 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.03 |
| CALCRL | ENSG00000064989 | 0.03 | 0.01 | 0.10 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.08 | 0.06 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.06 | 0.01 | 0.13 | 0.05 | 0.13 | 0.04 | 0.15 | 0.02 | 0.05 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.03 | 0.03 | 0.06 | 0.02 | 0.00 | 0.05 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.38 | 0.05 | 0.11 | 0.03 | 0.06 | 0.01 | 0.06 | 0.03 | 0.05 | 0.09 | 0.06 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.03 | 0.03 |
| PAK4 | ENSG00000130669 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.02 | 0.29 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.08 | 0.01 | 0.18 | 0.03 | 0.53 | 0.03 | 0.09 | 0.01 | 0.07 | 0.03 | 0.11 | 0.02 | 0.07 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.25 | 0.00 | 0.04 | 0.02 | 0.12 | 0.01 | 0.06 | 0.03 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.15 | 0.03 | 0.77 | 0.12 | 0.29 | 0.03 | 0.19 | 0.03 | 1.13 | 0.09 | 0.26 | 0.10 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.04 | 0.04 | 0.06 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.01 |
| RPS6KC1 | ENSG00000136643 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.07 | 0.07 | 0.06 | 0.01 | 0.00 | 0.05 | 0.04 | 0.09 | 0.02 | 0.10 | 0.02 | 0.05 | 0.00 | 0.20 | 0.04 | 0.06 | 0.01 | 0.04 | 0.01 | 0.07 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.15 | 0.01 | 0.16 | 0.02 | 0.03 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.20 | 0.02 | 0.15 | 0.17 | 0.06 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.11 | 0.04 | 0.02 | 0.21 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.16 | 0.04 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.06 | 0.09 | 0.00 | 0.11 | 0.03 |
| C4BPB | ENSG00000123843 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.07 | 0.06 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.12 | 0.01 | 0.09 | 0.01 | 0.05 | 0.00 | 0.20 | 0.06 | 0.12 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.12 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.19 | 0.01 | 0.18 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.27 | 0.01 | 0.22 | 0.11 | 0.07 | 0.00 | 0.07 | 0.02 | 0.17 | 0.04 | 0.05 | 0.18 | 0.03 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.16 | 0.10 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.09 | 0.00 | 0.16 | 0.02 |
| PKN2 | ENSG00000065243 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.07 | 0.05 | 0.07 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.33 | 0.05 | 0.09 | 0.05 | 0.06 | 0.01 | 0.07 | 0.00 | 0.08 | 0.01 | 0.08 | 0.00 | 0.06 | 0.01 | 0.08 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.03 | 0.00 | 0.10 | 0.02 | 0.07 | 0.00 | 0.22 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.10 | 0.14 | 0.18 | 0.02 | 0.04 | 0.01 | 0.04 | 0.07 | 0.05 | 0.18 | 0.06 | 0.04 | 0.05 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.05 | 0.03 | 0.03 | 0.04 | 0.11 |
| ZGPAT | ENSG00000197114 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.08 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.32 | 0.01 | 0.08 | 0.04 | 0.03 | 0.01 | 0.17 | 0.01 | 0.16 | 0.00 | 0.09 | 0.00 | 0.13 | 0.01 | 0.02 | 0.00 | 0.11 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.05 | 0.02 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.36 | 0.02 | 0.52 | 0.04 | 0.04 | 0.02 | 0.15 | 0.01 | 0.44 | 0.00 | 0.20 | 0.11 | 0.03 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.04 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.15 | 0.00 |
| WNT10B | ENSG00000169884 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.07 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.01 | 0.04 | 0.07 | 0.05 | 0.05 | 0.04 | 0.02 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.00 | 0.05 | 0.03 | 0.01 | 0.09 | 0.01 | 0.16 | 0.01 | 0.00 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.05 | 0.08 | 0.06 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.01 | 0.09 | 0.13 | 0.07 | 0.09 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.10 | 0.06 | 0.01 | 0.04 | 0.03 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.04 |
| ADGRL2 | ENSG00000117114 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.07 | 0.07 | 0.07 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.29 | 0.04 | 0.08 | 0.04 | 0.06 | 0.01 | 0.07 | 0.02 | 0.07 | 0.02 | 0.06 | 0.00 | 0.08 | 0.01 | 0.06 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.04 | 0.00 | 0.08 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.18 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.08 | 0.11 | 0.21 | 0.02 | 0.03 | 0.01 | 0.04 | 0.12 | 0.06 | 0.22 | 0.04 | 0.03 | 0.04 | 0.01 | 0.01 | 0.05 | 0.03 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.05 | 0.03 | 0.05 | 0.02 | 0.11 |
| SLC2A12 | ENSG00000146411 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.10 | 0.05 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.14 | 0.03 | 0.05 | 0.06 | 0.03 | 0.06 | 0.01 | 0.16 | 0.02 | 0.09 | 0.02 | 0.02 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.03 | 0.02 | 0.01 | 0.08 | 0.00 | 0.10 | 0.04 | 0.02 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.12 | 0.05 | 0.07 | 0.28 | 0.01 | 0.03 | 0.05 | 0.03 | 0.08 | 0.03 | 0.32 | 0.04 | 0.01 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.15 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.11 | 0.05 | 0.09 | 0.02 | 0.12 |
| EPHA4 | ENSG00000116106 | 0.01 | 0.07 | 0.04 | 0.04 | 0.00 | 0.03 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.28 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.10 | 0.03 | 0.03 | 0.04 | 0.19 | 0.00 | 0.18 | 0.03 | 0.14 | 0.05 | 0.04 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.04 | 0.03 | 0.03 | 0.05 | 0.00 | 0.04 | 0.03 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.03 | 0.07 | 0.15 | 0.19 | 0.01 | 0.35 | 0.03 | 0.04 | 0.08 | 0.05 | 0.10 | 0.22 | 0.06 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.06 |
| COL17A1 | ENSG00000065618 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.10 | 0.02 | 0.09 | 0.00 | 0.02 | 0.01 | 0.20 | 0.02 | 0.04 | 0.02 | 0.08 | 0.00 | 0.04 | 0.05 | 0.07 | 0.06 | 0.08 | 0.00 | 0.10 | 0.01 | 0.07 | 0.01 | 0.03 | 0.02 | 0.07 | 0.11 | 0.17 | 0.06 | 0.00 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.10 | 0.07 | 0.31 | 0.01 | 0.07 | 0.03 | 0.08 | 0.03 | 0.11 | 0.03 | 0.04 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.07 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.04 |
| IL10RA | ENSG00000110324 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.02 | 0.02 | 0.09 | 0.03 | 0.11 | 0.00 | 0.00 | 0.07 | 0.06 | 0.05 | 0.07 | 0.05 | 0.09 | 0.04 | 0.16 | 0.03 | 0.12 | 0.07 | 0.07 | 0.01 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.09 | 0.00 | 0.17 | 0.00 | 0.05 | 0.00 | 0.06 | 0.00 | 0.00 | 0.03 | 0.23 | 0.14 | 0.15 | 0.04 | 0.31 | 0.04 | 0.05 | 0.15 | 0.16 | 0.04 | 0.21 | 0.00 | 0.17 | 0.02 | 0.00 | 0.14 | 0.01 | 0.06 | 0.01 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.07 | 0.01 | 0.27 |
| EPYC | ENSG00000083782 | 0.01 | 0.01 | 0.00 | 0.00 | 0.06 | 0.02 | 0.04 | 0.00 | 0.09 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.04 | 0.02 | 0.05 | 0.05 | 0.03 | 0.01 | 0.03 | 0.03 | 0.06 | 0.03 | 0.03 | 0.00 | 0.02 | 0.03 | 0.06 | 0.00 | 0.08 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.17 | 0.02 | 0.02 | 0.00 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.09 | 0.05 | 0.06 | 0.23 | 0.01 | 0.02 | 0.02 | 0.03 | 0.00 | 0.16 | 0.43 | 0.04 | 0.00 | 0.01 | 0.00 | 0.02 | 0.08 | 0.05 | 0.00 | 0.02 | 0.02 | 0.04 | 0.00 | 0.00 | 0.01 | 0.08 |
| TNFRSF14 | ENSG00000157873 | 0.00 | 0.05 | 0.01 | 0.10 | 0.00 | 0.00 | 0.02 | 0.03 | 0.10 | 0.08 | 0.00 | 0.02 | 0.04 | 0.27 | 0.09 | 0.06 | 0.08 | 0.11 | 0.06 | 0.09 | 0.13 | 0.08 | 0.09 | 0.09 | 0.02 | 0.11 | 0.00 | 0.17 | 0.05 | 0.05 | 0.02 | 0.31 | 0.00 | 1.01 | 0.05 | 0.17 | 0.01 | 0.12 | 0.00 | 0.00 | 0.04 | 0.19 | 0.23 | 0.38 | 0.06 | 0.11 | 0.05 | 0.12 | 0.08 | 0.27 | 0.18 | 0.28 | 0.10 | 0.12 | 0.02 | 0.00 | 0.00 | 0.19 | 0.00 | 0.03 | 0.03 | 0.15 | 0.00 | 0.14 | 0.07 | 0.13 |
|
Showing page 237 |
first page | previous page | next page | last page |
Copyright © 2020 University of Pennsylvania. All Rights Reserved.