Copy Number
The putative cancer-causing CDKs/Cyclins driven by SCNAs in each cancer type were identified by four criteria: 1) located in a peak region of a significantly recurrent focal SNCA locus estimated by the genomic identification of significant targets in cancer (GISTIC2) algorithm, (q≤0.25); 2) altered with high frequency and large amplitude (G-score ≥0.1); 3) mRNA reliably detected in at least 10% of tumor specimens in the given cancer type (90th percentile of FPKM value ≥1); and 4) mRNA significantly and positively correlated with copy numbers (Pearson P-value less than 0.001).
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| HGNC | Ensembl | ACC | BLCA | BRCA | CESC | CHOL | COAD | DLBC | ESCA | GBM | HNSC | KICH | KIRC | KIRP | LAML | LGG | LIHC | LUAD | LUSC | MESO | OV | PAAD | PCPG | PRAD | READ | SARC | SKCM | STAD | TGCT | THCA | THYM | UCEC | UCS | UVM | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Symbol | Gene ID | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel | PeakAmp | PeakDel |
| CDK20 | ENSG00000156345 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNA1 | ENSG00000133101 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNA2 | ENSG00000145386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNB1 | ENSG00000134057 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNB2 | ENSG00000157456 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNC | ENSG00000112237 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCND1 | ENSG00000110092 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCND2 | ENSG00000118971 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCND3 | ENSG00000112576 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNE1 | ENSG00000105173 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNE2 | ENSG00000175305 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNY | ENSG00000108100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK5R1 | ENSG00000176749 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CDK5R2 | ENSG00000171450 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNH | ENSG00000134480 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNL1 | ENSG00000163660 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNL2 | ENSG00000221978 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNT1 | ENSG00000129315 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNT2 | ENSG00000082258 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CCNK | ENSG00000090061 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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